台湾立荣航空公司最近南北竿航线出现减并航班的情形，引起部份订位旅客的质疑。立荣航空公司则表示，是为了配合班机维修而做的调整，并非针对马祖航线，已订位旅客会设法安排当天的其它班次，但部份旅客则对这种说法不能完全认同。

最近有民众反映指出，立荣航空公司可能因为部份班机的搭载率太低，因此变相的减并班，像是南竿的中午及北竿的最末班机，订位旅客偶尔会接到立荣航空公司的通知，说是班机因维修或调度，订位中心会安排旅客调整至其它班次。针对旅客的反映，立荣航空公司表示，碰到这种情况的机会不多，而且这种的调整是包含该公司全部的航线，不是针对马祖航线。

立荣航空公司目前每日飞航马祖南北竿共十个班次，冬季因观光客较少，搭载率不如夏秋季。旅客认为，班次既已排定就要依表订时间飞，如果真是搭载率不高，立荣航空公司要检讨班表，不定时的减并班会影响订位旅客的权益。